Les principaux objectifs du collège sont de faire progresser la médecine exotique en Europe (recherche, enseignement et pratique) et d’accroître la compétence de ceux qui pratiquent dans ce domaine. Les autres objectifs sont de rendre le public conscient de la capacité des spécialistes en médecine exotique et les avantages de faire participer les membres de ce collège dans toutes les problématiques nationales et internationales relatives à la santé, au bien-être, à la biosécurité et la formation concernant les soins aux animaux, la gestion et la médecine.